Metabolic Trans-Omic Analysis Reveals Key Regulatory Disruption of Energy Metabolism in Alzheimer's Disease
该研究通过整合阿尔茨海默病患者背外侧前额叶皮层的多组学数据，构建了多层级代谢调控网络，揭示了由酶丰度降低和变构抑制驱动的能量代谢通路（如三羧酸循环和氧化磷酸化）协同下调，从而阐明了该病生物能量缺陷的关键调控机制。
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139 篇论文
TwinCell: Large Causal Cell Model for Reliable and Interpretable Therapeutic Target Prioritisation
本文提出了名为 TwinCell 的大型因果细胞模型，该模型利用体外扰动数据训练，通过多组学互作网络识别驱动细胞状态转变的上游调控因子，在无需疾病特异性监督的情况下实现了跨组织、跨疾病的可靠治疗靶点优先排序及机制可解释性，并显著优于现有基准方法。
Integrative Multi-omics Analysis of the Human Skeletal Muscle Response to Endurance or Resistance Exercise: Findings from the Molecular Transducers of Physical Activity Consortium (MoTrPAC)
该研究基于 MoTrPAC 项目，通过整合多组学分析揭示了人体骨骼肌对急性耐力与抗阻运动的分子响应具有独特的时序特征，其中染色质可及性、磷酸化蛋白质组和代谢组的早期变化先于转录组和蛋白质组，并共同调控了自噬、血管生成及代谢等关键通路。
A systemic circadian nicotinic acid riboside (NaR) signal engages the unfolded protein response and adipogenesis via the prefoldin complex
该研究揭示了由肝脏生物钟控制的循环代谢物烟酸核糖（NaR）通过靶向 prefoldin 复合物激活未折叠蛋白反应并调控 CEBPA 表达，从而以时间依赖的方式影响脂肪细胞分化及脂质沉积，阐明了系统性昼夜代谢信号塑造组织特异性生理功能的新机制。
dAMN: a genome scale neural-mechanistic hybrid model to predict bacterial growth dynamics
该研究提出了 dAMN 模型，这是一种将神经网络与基因组尺度动态通量平衡分析（dFBA）相结合的混合模型，能够利用初始代谢物浓度准确预测大肠杆菌和假单胞菌在多种营养环境下的完整生长曲线及底物消耗动态，并有效解决了传统模型无法模拟滞后期的问题。
Molecular Transducers of Physical Activity Consortium (MoTrPAC): Initial Insights into the Dynamic Human Responses to Exercise
该研究概述了运动分子传导物联盟（MoTrPAC）在COVID-19暂停前对206名健康久坐受试者进行的急性与慢性耐力及抗阻运动干预，证实了这两种运动模式能显著改善生理指标并成功采集了多种组织样本，从而为解析不同运动方式促进健康的分子机制奠定了框架。
Likelihood-Free Parameter Inference for Spatiotemporal Stochastic Biological Models using Neural Posterior Estimation
该研究提出了一种基于神经后验估计的无似然推断框架，成功克服了传统方法在复杂时空生物模型（如细胞迁移）参数校准中的局限性，能够从模拟数据中直接且准确地推断出包括细胞运动性、趋化性和增殖率在内的关键生物学参数。
Integrative multi-omics and multi-trait analysis prioritizes regulatory mechanisms and genes for metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
本研究通过整合多组学与多性状分析构建了 MASLD 研究流程，鉴定并优先排序了 39 个候选基因，结合单细胞测序与实验验证揭示了其调控机制，并发布了交互式数据门户以助力该领域的机制探索与药物靶点开发。
Ageing impacts extracellular matrix turnover and remodelling in the kidney
该研究利用稳定同位素标记技术发现，肾脏衰老导致的纤维化主要源于细胞外基质（特别是基底膜和纤维胶原）降解能力受损及更新停滞，而非合成增加，且伴随基质蛋白结构改变和相互作用异常。
Comparison of different computational frameworks for metabolic modeling from single-cell transcriptomics data in glioblastoma
该研究通过系统比较三种基于单细胞转录组的代谢建模计算方法，利用 GBM 患者数据揭示了肿瘤相关巨噬细胞是代谢主导的微环境群体，并阐明了其在脂质代谢调控及支持恶性细胞方面的关键作用，为胶质母细胞瘤的靶向治疗提供了新见解。
Why Boolean network control tools disagree: a taxonomy of control problems
该论文通过建立控制问题分类法、提出覆盖一致性评估框架及开发突变共现评分指标，系统解析了布尔网络控制工具结果不一致的根源，并展示了利用多工具集成预测提升生物标志物识别可靠性的方法。
STRESS HISTORY ESTABLISHES A TRANSIENT TOLERANT STATE THAT SHAPES ANTIBIOTIC SURVIVAL UPON RESUSCITATION
该研究利用高通量单细胞微流控平台发现，细菌在复苏过程中会因既往的饥饿压力史而进入一种瞬态耐受状态，这种状态使其在β-内酰胺类抗生素治疗下更易存活，并可能是导致临床治疗失败及菌群快速复发的主要驱动因素。
TGFβ signaling systems are prone to inhibition and ligand competition by coreceptor
该研究通过数值模拟与单细胞实验相结合，揭示 TGFβ信号系统中的非信号核心受体通常通过抑制下游信号和改变配体竞争来发挥主导作用，使细胞能够利用核心受体的差异表达灵活切换活性配体 - 受体景观。
Generalized Morphogenesis Theory: A Flow-Inertia Modeling Framework for Cross-Scale Dynamics of Dissipative Structures
本文提出了一种基于“流 - 惯量”公式的广义形态发生理论（GMT）框架，该框架通过统一描述跨尺度耗散结构的动力学行为，成功将作物生长与分子转录组数据等不同领域的实证结果整合为 12 种普适的规范设计模式。
Challenges and Opportunities in Single-Sample Network Modeling
本文通过统一数学框架系统比较了多种单样本网络推断方法，揭示了在预测网络准确性与样本特异性之间存在的权衡，并指出 LIONESS 方法在两者间取得了最佳平衡，从而为构建改进的通用推断框架提供了契机。
AOPGraphExplorer 2.0: An Interactive Graph-Based Platform for Multi-Domain Mechanistic Annotation and Exploration of Adverse Outcome Pathways
本文介绍了 AOPGraphExplorer 2.0，这是一个基于交互式图谱的平台，它通过整合多领域机制注释和高级分析功能，将源自 AOP-Wiki 的不良结局通路（AOP）转化为支持毒理学、药理学及风险评估中假设生成与决策制定的统一系统级分析工作流。
The Spatiotemporal Proteome Landscape of Aging: Structural determinants of age-sensitive proteome remodeling
该研究利用酵母模型构建了高分辨率单细胞时空蛋白质组图谱，揭示了衰老过程中蛋白质空间定位与浓度的广泛重塑现象，并阐明了决定这种年龄敏感性重塑的蛋白质结构生物物理机制。
Single-Cell Spatial Proteomics Uncovers Molecular Interconnectivity among Hallmarks of Aging
该研究通过构建酵母衰老的单细胞空间蛋白质组图谱，揭示了衰老标志物在亚细胞层面的空间重排与聚集机制，阐明了不同衰老标志间的分子互连性，并提出了以核仁功能紊乱、蛋白稳态下降和线粒体功能障碍为起始的衰老级联失效模型。
The Potential Effect of Vitamin D Supplement on Selected Coagulability Predictors in Vape-Exposed Female Rats
该研究指出，电子烟暴露会激活炎症和凝血通路，而高剂量维生素 D 补充剂能有效减轻雌性大鼠因电子烟引起的炎症反应、凝血异常及肺部损伤，并可能有助于降低尼古丁依赖。
Aging under immunosuppression reshapes human immune compartments and lowers clinical alloreactivity after heart transplantation
这项针对心脏移植受者的最大规模研究揭示，受者年龄增长与急性移植物排斥反应风险降低相关，其机制涉及免疫衰老、慢性低度炎症及特定免疫细胞亚群（如记忆 T 细胞、单核细胞和 NK 细胞）的转录组重塑，从而支持对老年移植人群实施更个性化的免疫抑制策略。